Im Jahr 2016 führte Audi ein letztes Update für die erste Q3-Generation mit einigen Details ein, die die S-Line vom Rest des Pakets unterschieden.
Der Q3 war der kompakte Crossover, der versuchte, das Leben in und außerhalb der Stadt zu erleichtern, ohne Angst vor leichten Offroad-Situationen oder wenn der Schnee auf den Straßen höher als ein Paar Stilettos war. Mit ihrem letzten Update versuchte die S-Line, mehr Aufmerksamkeit von Männern zu bekommen, da die meisten Q3-Kunden Frauen waren.

Äußerlich präsentierte sich der S-Line Q3 mit einer neuen Frontpartie. Die äußeren Lufteinlässe waren umfangreicher; das Blade unterhalb des Mittelkanals war in Wagenfarbe gehalten, der Singleframe-Grill steingrau. Seine äußeren Lufteinlässe waren horizontal geteilt. Der Unterfahrschutz wurde an der vorderen und hinteren Stoßstange in einem matten Silberton ausgeführt. Während die meisten S-Line-Versionen anderer Audi-Modelle silberne Außenspiegelkappen aufwiesen, behielt der Q3 die in Wagenfarbe gehaltenen Versionen, wie der Rest seines Sortiments.

Im Inneren wies die Version 2016 ein ähnliches Aussehen wie der Rest der Bande auf, mit Ausnahme des Lenkrads, das mit dem S-Line-Logo auf der unteren Speiche aufgewertet wurde. An den oberen Türsektionen und der Mittelkonsole verbauten die Designer einige weitere Aluminium-Einleger.

Audi bot das S-Line-Paket für den Q3 für die gesamte Motorenpalette an, mit Ausnahme des SQ3, der ein echtes S-Modell war, nicht nur ein ästhetisches Paket.