Audi brachte 1999 das S3-Modell der ersten Generation auf den Markt.
Diese sportlichere Version des Audi A3 teilte seine A-Plattform mit Autos wie Audi TT oder Seat Leon und war mit einem 1,8-Liter-Turbobenziner mit 210 PS ausgestattet. Diese verstimmte Variante des Audi TT-Motors erhielt später durch eine neue variable Ventilsteuerung eine Leistungssteigerung von 15 PS. Zu den neuen Funktionen gehörten eine elektronische Traktionskontrolle / Stabilitätsprogramm, Xenon-Scheinwerfer, Klimatisierung, optionaler Tempomat und beheizbare Vordersitze. Der Einstiegs-Premium-Audi S3 erhielt sein erstes – und einziges – Facelifting im Jahr 2001, als er einige geringfügige Änderungen an seinem Front- und Seitendesign erfuhr.