Eine leistungsstärkere Version des Audi A3 wurde 1999 unter dem Namensschild Audi S3 eingeführt.
Der S3 teilte seine Plattform mit dem TT sowie mit VW Golf, Seat Leon und Skoda Octavia.

Das überarbeitete Modell erwachte 2001 zum Leben und zeichnete sich sowohl durch Aktualisierungen des Außendesigns als auch durch verbesserte Leistung aus.

Ästhetisch wichtigste Änderungen waren die neuen, jetzt in die Scheinwerfer integrierten Blinker, überarbeitete Frontkotflügel und Heckleuchten. Im Inneren wurde die Innenausstattung mit einer Digitaluhr und verschiedenen Audiopaketen leicht aufgewertet.

Der 1,8-Liter-Turbobenziner wurde mit einer variablen Ventilsteuerungstechnologie aufgerüstet, der neue S3 profitiert nun von einer Leistungssteigerung von 15 PS.

Zu den Standardfunktionen des S3 gehörten Xenon-HID-Scheinwerfer, Scheinwerferwaschanlagen, Nebelscheinwerfer, 17-Zoll-Leichtmetallräder, Recaro-Ledersitze, Klimaanlage, elektronische Traktionskontrolle und ein elektronisches Stabilitätsprogramm.

Zu den eigenständigen Optionen gehörten ein erstklassiges Bose-Audiosystem, ein im Kofferraum montierter 6-Disc-CD-Wechsler, Metallic-Lackierung, größere 18-Zoll-Legierungen, ein Glasschiebedach, Einparkhilfe, beheizte Vordersitze, Tempomat und Teillederkombinationen Sitzpolster.

Obwohl als „Quattro“ vermarktet, war der S3 tatsächlich mit einem Haldex-System ausgestattet, das die Traktion je nach Grip-Niveau anpassen sollte.

Der Audi S3 war auf dem nordamerikanischen Markt nicht erhältlich.