2006 stellte Audi die zweite Generation der S3-Version vor.
Es war als 3- und 5-türige Version erhältlich. Es war die stärkste Heißluke auf dem Markt.

Audi startete die Revolution des permanenten Allradantriebs bereits in den 80er Jahren, als der erste Audi S1 Quattro auf der Rallye-Bühne eingeführt wurde und seinen Gegnern Sieg um Sieg abnahm. Seitdem waren alle Audi S-Modelle mit Allradantrieb und der S3 war keine Ausnahme.

Von außen sah es fast wie ein normaler Audi A3 aus, aber nur wenige Hinweise konnten den Unterschied erkennen. Der vordere Singleframe-Grill war von einem silbernen Rand umgeben. Das aerodynamische Paket war anders und die Außenspiegel waren ebenfalls silbern. Hinten verstärkte ein Dachspoiler die aerodynamische Strömung nach hinten. Unter der Stoßstange zeigten zwei Endrohre dezent ihre Präsenz.

Im Inneren war der S3 vorne mit Sportschalensitzen ausgestattet. Die Pedale, der Schaltknauf und die Lüftungsschlitze waren aus Aluminium gefertigt. Die rot-silberne S3-Plakette wurde auch auf den Ledersitzen und dem Lenkrad gefunden.

Das Triebwerk war ein 2,0-Liter-Benzinmotor mit Direkteinspritzung und Turbolader. Es konnte bis zu 1,2 bar Druck (17,4 psi) steigern, was für ein Serienfahrzeug ungewöhnlich war. Die Kraft ging über ein serienmäßiges 6-Gang-Schaltgetriebe und ein Haldex-Mittendifferential an alle vier Räder.