Das Audi S4-Modell der dritten Generation debütierte Mitte 2003 und war der breiten Öffentlichkeit in drei Karosserievarianten erhältlich – Limousine/Limousine, Kombi/Kombi und Cabriolet.
Basierend auf der brandneuen Plattform des Volkswagen Konzerns B6 von A4 profitierte der S4 Avant von der gleichen Radstandslänge wie die S4-Limousine und wies die gleichen Änderungen im Außendesign auf: breiterer Kühlergrill, niedrigere Türverkleidungen und überarbeitete Spiegel. Diese Generation des S4 Avant war mit einem neuen 4,2-l-V8-Motor mit 344 PS ausgestattet (der den 2,7-l-Motor des S4 von 1997 ersetzte) und mit zwei Getrieben erhältlich: standardmäßigem 6-Gang-Schaltgetriebe und 5-Gang-Tiptronic. Dieses Modell wurde 2005 durch einen auf der B7-Plattform basierenden Audi S4 ersetzt.