Fiat versuchte 2006, die Stilo-Reihe mit einer Auffrischung in der Mitte des Lebenszyklus wiederzubeleben, und dazu gehörte auch die Kombi-Version.
Fiat versuchte, das Auto zusammen mit der überarbeiteten Version erschwinglicher zu machen, und ließ die Einzelradaufhängung zugunsten der halbunabhängigen Federung fallen.

Fiat installierte ein neues Kühlergrilldesign mit einer horizontalen, silbernen Lamelle, die das Abzeichen vorne stützte. Seine Scheinwerfer hatten klare Linsen und die gleiche eckige Form wie zuvor. Eine große ästhetische Verbesserung waren die in Wagenfarbe lackierten Türgriffe. Vor dem Facelift waren sie schwarz. An den Seiten änderte der Multi Wagon das Design für die D-Säulen und verwendete Karosseriefarbe anstelle der schwarzen, die beim Modell von 2003 verwendet wurden.

Im Inneren änderte Fiat die Lüftungsschlitze und fügte Aluminiumverkleidungen aus Kunststoff hinzu, die die schwarzen ersetzten, die bei der nicht überarbeiteten Version verwendet wurden. Die gesamte Baureihe erhielt weiße Zifferblätter für das Kombiinstrument. Ein großes Update betraf das Infotainmentsystem, das einen Farb-Touchscreen erhielt. Der Autobauer platzierte es immer noch in einem schwer einsehbaren Bereich auf dem Mittelstapel.

Fiat ließ den 1,2-Liter-Motor aus dem Punto fallen, und die Basisversion war mit einem 1,4-Liter-Vierzylinder ausgestattet. Eine interessante Option war die Dieselversion, die mit einem standardmäßigen 5-Gang-Schaltgetriebe gekoppelt war, und optional konnte der Kunde ein 6-Gang-Schaltgetriebe erhalten.

Fiat führte die Stilo-Reihe 2001 als drei- und fünftürige Version ein und wartete einige Jahre, bevor er die Kombi-Version namens MultiWagon vorstellte.
Obwohl es in den 2000er Jahren keine so große Nachfrage mehr nach Kombis auf dem Markt gab, produzierten die meisten europäischen Autohersteller sie immer noch, da sie einfach zu bauen waren, im Grunde zu den gleichen Kosten wie jede andere Karosserieversion. Fiat dachte lange und gut nach, bevor er den MultiWagon anbot, und begann 2003 mit dem Verkauf.

Während er seine Frontschürze mit seinem fünftürigen Schrägheck-Geschwister teilte, war das Fahrzeug anders. Es zeigte ein längeres Dach und ein Paar zusätzliche Fenster an den Seiten des Kofferraums. Die eckigen Linien kehrten nach dem Ende der Biodesign-Ära wieder in die Automobiltrends zurück. Seine geradlinigen Scheinwerfer und der rechteckige Kühlergrill mit horizontalen Lamellen bestätigten den neuen, kantigen Designtrend. Aber die Italiener machten den Kombi mit einem anderen Ende. Das Designteam installierte breitere Rückleuchten als bei der fünftürigen Version. Seine Ladefläche saß tiefer und war breiter. Sie stellten sich eher einen nützlichen Kombi als ein trendiges Familienauto vor.

Im Inneren hatte der Stilo MultiWagon, abgesehen von dem Platz hinter den Rücksitzen, die gleiche Innenausstattung wie sein fünftüriger Bruder. Seine geteilt umklappbare Rückbank ermöglichte eine Vergrößerung des Kofferraumvolumens von 510 Litern (18 cu-ft) auf 1.480 Liter (52,27 cu-ft), was dem Klassenbesten Skoda Octavia Combi sehr nahe kam.

Unter der Motorhaube installierte Fiat eine Auswahl von neun Motoren, von denen die meisten der gleiche 1,9-Liter-Turbodiesel waren, der mit unterschiedlichen Leistungen zwischen 80 PS und 150 PS angeboten wurde.