Nur drei Jahre nach der Einführung der zweiten Generation des CR-V stellte Honda eine überarbeitete Version vor, die weitere zwei Jahre auf dem Markt blieb.
Der japanische Autohersteller erschütterte die Automobilwelt, als er 1996 auf der Chicago Auto Show den ersten CR-V vorstellte. Honda war vor allem für seine kompakte Civic-Reihe und die Mittelklasse-Limousine Accord bekannt, aber nicht als SUV-Hersteller. 2001 stellte es die zweite Generation vor und die Kunden stürmten die Türen. In Europa war das Hauptproblem das Fehlen eines Dieselmotors. Honda mochte die Ölbrenner nicht, baute aber einen für die überarbeitete Version.

Vom Design her gab es nicht allzu viele Änderungen am Auto, aber die Scheinwerfer waren anders und hatten jeweils zwei Scheinwerfer für das Abblend- und das Fernlicht. Die vordere Stoßstange war mit einem schwarzen unteren Kühlergrill und einem Kunststoffschild ausgestattet. Andere Autohersteller übernahmen die gleiche Lösung, lackierten sie jedoch in Silber und nannten sie einen Schild. Auf der Rückseite wies der CR-V von 2004 das gleiche hochklappbare Glas und die rechts angeschlagene Hecktür auf.

Der geräumige Innenraum bot fünf echte Sitzplätze, mit Dreipunktgurten für alle, was damals nicht üblich war. Ein Kapitel, in dem der CR-V ausgezeichnet war, war die Kofferraumgröße, die bis zu 2040 Liter (72,0 cu-ft) Platz bei abgesenkter geteilter Sitzbank und 950 Liter (33,5 cu-ft) bei hochgeklappten Sitzen bieten konnte.

Unter der Motorhaube erhielten die Europäer neben dem 2,0-Liter- und dem 2,4-Liter-Benzinmotor eine lang erwartete Dieselversion, die den CR-V-Verkauf ankurbelte.