1999 schloss sich ein neuer Atos der Hyundai-Reihe an, um diese anfänglichen schlechten Bewertungen zu verbessern.
Das Auto war mit dem Epsilon Straight 4 Motor ausgestattet, der 55 PS leistete. Zwei Jahre später erhielt das Auto eine verbesserte Version davon mit 58 PS und als Option auch ein neues 4-Gang-Automatikgetriebe. Damit die Ausstattung nicht so billig wirkt, wurde der Innenraum neu gestaltet. Obwohl das Auto besser war als das ursprüngliche Modell, war es noch weit von dem entfernt, was die Öffentlichkeit für ein Stadtauto hielt. Weitere Verbesserungen sollten mit der Einführung des Modells 2005 vorgenommen werden, um die Qualität auf ein anständiges Niveau zu bringen.