Hyundai versuchte, mit einem kleinen MPV auf der gleichen Plattform wie der Kia Picanto auf den europäischen Automarkt vorzudringen, aber die Ergebnisse blieben weit hinter den Erwartungen zurück.
1999 brachte der koreanische Autobauer die zweite Generation des Atos auf den Markt. Es sah aus wie ein ideales Stadtauto mit großer Kraftstoffeffizienz und klein genug, um durch den Stadtverkehr zu fegen. In Europa mochten die Kunden die Form des Autos nicht, was zu langsamen Verkäufen führte, während es in anderen Märkten sehr geschätzt wurde. 2005 stellte der Autobauer eine überarbeitete Version vor.

Während es sich noch um einen rollenden Würfel mit verlängerter Front für den Motorraum handelte, gelang es dem Designteam, anstelle der vor dem Facelift verwendeten gewölbten Scheinwerfer einen anderen Satz Scheinwerfer mit horizontaler Form einzubauen.

Im Inneren war das Auto dank des hohen Dachs und der hoch montierten Sitze vorne und hinten geräumig für vier erwachsene Passagiere. Durch dieses Konzept konnten die Fondpassagiere ihre Füße unter die Vordersitze schieben. Vorn formte der Autobauer das Armaturenbrett um und baute auf der Beifahrerseite eine offene Ablage ein. Hyundai übernahm das schlichte Design der Instrumententafel aus der Accent-Reihe.

Unter der Motorhaube installierte der koreanische Autohersteller einen neu entwickelten 1,1-Liter-Motor und koppelte ihn standardmäßig mit einem 5-Gang-Schaltgetriebe. Es bot auch eine Option für ein Viergang-Automatikgetriebe.

Hyundai hat die zweite Generation des Atos im Jahr 2003 nach vier Jahren seit der Einführung des Modells aufgefrischt.
Während die erste Generation und die nicht überarbeitete Version der zweiten Generation einen MPV-Designstil zeigten, entschied sich der Autohersteller dafür, das Auto eher wie ein hohes Fließheck aussehen zu lassen als wie einen Minivan im kleinen Segment.

Das Modell von 2003 wurde mit breiteren, rechteckigen Scheinwerfern und an den Ecken montierten Blinkern geliefert. So wurden die seltsamen Scheinwerfer des Modells von 1999 abgeschafft und ein neu gestalteter Kühlergrill eingeführt, der eine umgekehrte Trapezform aufwies, die von drei verchromten Lamellen gekreuzt wurde. Aber der koreanische Autobauer konnte das hohe Gewächshaus nicht loswerden, also blieb es gleich. Das Heck zeigte ein anderes Design für die Rücklichter mit einer schmetterlingsartigen klaren Linse über dem Bereich des Rückfahrlichts.

Im Inneren wies das Armaturenbrett einen offenen Stauraum vor der Beifahrerseite auf. Gleichzeitig erhielt der Fahrer ein Drei-Ziffern-Kombiinstrument, dessen Tachometer seitlich von ungewöhnlich großen Anzeigen für Kühlmitteltemperatur und Kraftstoffstand flankiert wird. Je nach Ausstattungsvariante bot der Atos ein Audiosystem auf dem Mittelstapel und eine Klimaanlage. Hyundai installierte die HVAC-Steuerungen unter der Stereoanlage. Hinten behielt Hyundai die 50/50 geteilte Klapp- und Sturzbank bei.

Da es als Pendlerfahrzeug konzipiert war, installierte Hyundai einen neuen 1,1-Liter-Benzinmotor, der serienmäßig mit einem Fünfgang-Schaltgetriebe gekoppelt war, während eine Viergang-Automatik als Option erhältlich war.