Nissan führte 1998 eine überarbeitete Version für den Micra ein und verbesserte sie in jeder Hinsicht, angefangen beim äußeren Erscheinungsbild bis hin zu den Antriebssträngen.
Nissan sah bei der Einführung des Micra eine Chance in kleinen Fahrzeugen und versuchte, seinen Vorsprung über die Jahre zu halten. Aber Renault, Peugeot-Citroen, Fiat, Opel und Volkswagen waren da, um sich einen Teil des Marktes zu sichern. Aber Nissan war kein neuer oder unerfahrener Autohersteller in diesem Segment und bewies es, als er den Micra auffrischte.

Von außen sah der Micra von 1998 der Version ohne Facelift sehr ähnlich. Es wies eine neue Frontverkleidung mit einem Paar blätterartiger Kühlergrill auf, die durch eine vertikale Lamelle getrennt waren, die das Markenlogo trug. Die hinteren Türen waren schmal, erlaubten aber dank ihres weit öffnenden Systems einen angemessenen Ein- und Ausstieg in das Auto. Dank abgerundeter Ecken und weicherer Kanten passte der Micra 5-Türer in den Biodesign-Trend.

Im Inneren hat Nissan einige Änderungen vorgenommen, insbesondere in Bezug auf die Materialqualität. Die abgerundete Form des Armaturenbretts und das ovale Kombiinstrument galten als schick und trendy. Hinten vergrößerte die einteilige umklappbare Rückenlehne den Kofferraum.

Unter der Haut wurde der Micra von 1998 drastisch verbessert. Zusammen mit seinen aufgefrischten Benzinmotoren installierte Nissan auch einen von Peugeot gekauften Dieselmotor. Der japanische Autobauer bot ein CVT-Getriebe an, das für ausgewählte Motorversionen erhältlich war.