Der Micra erlebte im Jahr 2000 ein Facelifting, das nur wenige optische Anpassungen und mehr interne Änderungen mit sich brachte.
Der 1,3-l-Benziner wurde zugunsten eines größeren 1,4-l-Motors fallen gelassen, der insgesamt ausgewogen war, aber die gleiche Leistung wie der vorherige hatte. Der kleine 1,0-Liter- und der 1,5-Liter-Diesel wurden ebenfalls geringfügig verbessert, um die Kraftstoffeffizienz und Zuverlässigkeit zu verbessern. Die Ausstattungsniveaus wurden angehoben und umbenannt, wobei die Basisausstattung in “Trend” umbenannt wurde. “Comfort” war eine Ausstattung auf mittlerer Ebene, während der GL durch das viel offensichtlichere Label “Luxury” ersetzt wurde.