Die Veröffentlichung des Modells mit Facelift im Jahr 2002 brachte nur wenige äußere und innere Karosseriemodifikationen mit sich.
Eine HDI-Version mit Common Rail wurde für den 1.9 Diesel sowie einige HDI-Versionen der benzinbetriebenen 1.4-, 1.6- und der neu hinzugefügten 2.0-Motoren hinzugefügt.

Sauberere Motortendenzen zwangen Peugeot dazu, die Emissionen zu senken, indem seine Fahrzeuge mit besseren Partikelfiltern und Katalysatoren ausgestattet wurden, und in dieser Hinsicht war der neue 206 weniger Schadstoffe als der Vorgänger. Der 206 ist reaktionsschnell und sicher und hat in EuroNCAP-Tests auch 4 von 5 Sternen für die Sicherheit der erwachsenen Insassen erzielt.