Mitten in der Weltfinanzkrise musste Skoda das Fabia-Programm auffrischen und den Motor am Laufen halten, während andere große Marken zusammenbrachen.
Obwohl es nicht der beste Zeitpunkt war, um in Upgrades zu investieren, musste der tschechische Autohersteller die Fabia-Reihe auffrischen und auf die Euro-5-Emissionsnorm bringen, die im Januar 2009 eingeführt werden sollte. Die Kombi-Version mit dem Namen Combi , bot ein ausgewogenes Verhältnis zwischen Fahrzeuglänge, Kofferraum und Gesamtpreis. Es war eine kluge Wahl für junge Familien.

Das Facelift-Modell verfügte über neue Scheinwerfer mit einem nach hinten gekehrten Design. Für die oberen Ausstattungsvarianten waren sie mit serienmäßigen Xenon-Scheinwerfern ausgestattet. Sein neues Kühlergrilldesign mit vertikalen Lamellen und einer verchromten Leiste darüber trug das grüne Skoda-Emblem. Skoda installierte für die Kombi-Version verlängerte hintere Seitenverkleidungen als die der Fließheckversion und montierte einen Dachspoiler oben auf der Heckklappe.

Im Inneren änderte der Autohersteller das Design der Zifferblätter mit neuen Schriftzügen, und die Mittelkonsole war mit einem neuen Soundsystem ausgestattet. Wie die nicht überarbeitete Version verfügte der Fabia Combi über zwei Sitze vorne und eine geteilte Klappbank hinten. Die Kofferraumgröße hätten die Nutzer von ordentlichen 480 Litern (16,9 cu-ft) auf 1226 Liter (43,3 cu-ft) erweitern können. Das war mehr, als die meisten Hatchbacks bieten konnten.

Skoda ersetzte die älteren 1,4- und 1,6-Liter-Motoren unter der Motorhaube durch ein neues 1,2-Liter-Turboaggregat, das entwickelt wurde, um die Euro-5-Abgasnorm zu erfüllen. Skoda ersetzte auch das ältere 6-Gang-Automatikgetriebe von Aisin durch ein neues 7-Gang-Automatikgetriebe (Doppelkupplungsgetriebe) des Volkswagen Konzerns.