Das Modell von 1999 des Skoda Fabia stellt die erste Generation des Autos dar, das in mehreren Karosserievarianten erhältlich war, darunter eine 4-türige Limousine mit dem Spitznamen Fabia Sedan, ein 5-türiges Fließheck und ein 5-türiger Kombi, der auch als Fabia Combi bezeichnet wurde.
Die erste Generation wurde im September 1999 auf der IAA in Frankfurt offiziell vorgestellt, während die Produktion einen Monat später anlief. Fabia war in mehreren Motorkonfigurationen erhältlich, die zwischen 1,2 Benzinern und 2,0 Dieseln reichten und zwischen 55 und 115 PS leisteten. Skoda Fabia hatte mehrere Konkurrenten in der kleinen Klasse, darunter Ford Fiesta, Fiat Punto, Citroen C3, Peugeot 206 und Renault Clio.