Auf dem Genfer Autosalon 2004 stellte Skoda die zweite Generation des Octavia vor und bewies, dass der Erfolg des Vorgängers kein Zufall war.
Der Octavia II basiert auf der PQ35-Plattform des Volkswagen Golf V und war ein bedeutender Schritt nach vorne für den tschechischen Autohersteller. Während die erste Generation eher wie ein Budgetauto aussah, spielte der Nachfolger bereits in einer anderen Liga. Volkswagen bereitete Skoda bereits darauf vor, gegen berüchtigtere Autohersteller wie Renault, Opel oder Fiat anzutreten. Skoda war nicht mehr das Aschenputtel des VW-Konzerns.

Der Octavia hatte eine kühnere Frontverkleidung mit einem nach hinten geneigten Kühlergrill mit vertikalen Lamellen. Seine keilförmigen Scheinwerfer folgten dem Designtrend des Kubismus und schufen eine Corporate Identity für den tschechischen Autohersteller. Wie sein Vorgänger hatte er eine Karosserie im Schrägheck-Stil mit einer geneigten Heckklappe auf der Rückseite. Seine Rückleuchten trugen ein klares C-förmiges Rückfahrlicht, das von „Clever“ abstand.

Innen war er größer als einige mittelgroße Limousinen auf dem Markt. An der Front wies das neue Armaturenbrett geschwungene Linien und Aluminiumverkleidungen an den Türverkleidungen und der Mittelkonsole auf. Die Mittelkonsole war hoch und hatte ein anständiges Ablagefach und den Schaltknüppel (oder den Gangwahlschalter für die Automatikgetriebeversion). Der Octavia bot fünf Sitzplätze mit zwei Schalensitzen vorne und einer geteilten Klappbank hinten, die den Kofferraum von 560 Litern (19,8 cu-ft) auf 1.420 Liter (50,1 cu-ft) erweiterte.

Unter der Motorhaube bot Skoda eine Auswahl von sieben Motoren an, die von Volkswagen übernommen wurden. Der Autohersteller koppelte sie je nach Ausstattungsvariante und Leistung entweder mit einem manuellen oder einem automatischen (Doppelkupplungs-) Getriebe.