Mit dem großen Erfolg der Modelle von 1999 beschloss Toyota, dass es an der Zeit war, den Yaris neu zu gestalten.
Die aktualisierte Version wurde 2003 veröffentlicht.

Das neue Design sollte ein besser aussehendes Auto schaffen und gleichzeitig einige der ursprünglichen Yaris beibehalten.

Der vordere Stoßfänger wurde zusammen mit dem Kühlergrill und den Scheinwerfern aufgefrischt, um ihm ein sportlicheres Aussehen zu verleihen. Am Heck wurde die Stoßstange neu gestaltet.

Für den Facelift Yari war eine neue Farbkollektion erhältlich, die sich durch die Metallic-Lackierung und andere Merkmale wie Nebelscheinwerfer, ein verchromtes Auspuffrohr, Leichtmetallräder und farblich passende Außenspiegel und Stoßstangen auszeichnete.

Die Benutzer konnten zwischen Twilight Blue, Carlo Blue, Thunder Grey, Eclipse Black und Crystal Silver nur für die 1,0-Liter- und 1,3-Liter-VVT-i-Benzinmotoren wählen.

Die oben genannten Motoren wurden mit einem 5-Gang-Schaltgetriebe kombiniert.

Die Karosseriestruktur wurde überarbeitet, um die Sicherheit sowie die Fahrqualität und die Dynamik des Fahrzeugs zu verbessern. Der NVH-Wert (Noise, Vibration, Harshness) wurde reduziert und der Yaris fühlte sich eher wie ein größeres Auto an.

Der Innenraum des Yaris war für ein so kleines Auto geräumig, sowohl die vorderen als auch die hinteren Passagiere profitierten von großem Komfort.

Mit einer anständigen Kofferraumgröße für ein Auto seiner Klasse verfügte der Yaris auch über umklappbare Rücksitze (mit einer 60:40-Konfiguration), um die Ladefläche bei Bedarf zu erweitern.