Angesichts einer steigenden Nachfrage nach kleinen, aber geräumigen Fahrzeugen beschloss Toyota, einen Minivan auf Basis seines bekannten Yaris zu bauen.
1997 präsentierte Toyota das Concept Car Reference auf der Tokyo Motor Show, und es gab nur wenige, die dem Autohersteller vertrauten, es als Serienmodell auf den Markt zu bringen. Doch das Konzept wurde zwei Jahre später Wirklichkeit, als der Autobauer den Fun Cargo auf dem japanischen Markt vorstellte. Bald darauf exportierte Toyota das Auto unter dem Namen Yaris Verso in andere Märkte. Im Jahr 2003 verbesserte Toyota das Fahrzeug und machte es sicherer und mit großer Kraftstoffeffizienz.

Für die überarbeitete Version verbesserte Toyota die Frontverkleidung des Verso und installierte Scheinwerfer mit klaren Linsen. Die Stoßstange wurde leicht aktualisiert und enthielt seitliche Schaufeln, die Lufteinlässe vortäuschten, um die Bremsen und einen breiten Kühlergrill in der unteren Stoßstange zu kühlen. Von den Seiten her konnten die Designer nichts anderes tun, um das hohe, kantige Aussehen der Karosserie zu verbessern, und trotz einiger Gerüchte haben sie auch keine Schiebetüren eingebaut und die Heckklappe mit einem seitlich öffnenden System belassen.

Im Inneren gab es einige geringfügige allgemeine Änderungen, aber das Auto erhielt schließlich einen CD-Player anstelle des älteren Kassettenspielers. Je nach Ausstattungsvariante verfügte der Yaris Verso über Tasten am Lenkrad, was im Grunde die größte Verbesserung war.

Unter der Motorhaube installierte Toyota neue Euro-4-Motoren, um den europäischen Vorschriften zu entsprechen. Seine Motoren bewegten sich zwischen einem 75-PS-Turbodiesel und einem lebhaften 1,5-Liter-VVTi-Aggregat mit 106 PS.