Hyundai intentó abrirse camino en el mercado automovilístico europeo con un monovolumen pequeño basado en la misma plataforma que el Kia Picanto, pero los resultados estuvieron muy por debajo de las expectativas.
En 1999, el fabricante de automóviles coreano lanzó la segunda generación del Atos. Parecía un automóvil urbano ideal con una gran eficiencia de combustible y lo suficientemente pequeño como para barrer el tráfico de la ciudad. En Europa, a los clientes no les gustó la forma del automóvil y eso resultó en ventas lentas, mientras que en otros mercados fue muy apreciado. En 2005, el fabricante de automóviles presentó una versión renovada.

Si bien todavía era un cubo sobre ruedas con una parte delantera extendida para el compartimiento del motor, el equipo de diseño logró instalar un conjunto diferente de faros con forma horizontal en lugar de los que se usaban antes del lavado de cara.

En el interior, el automóvil era espacioso para cuatro pasajeros adultos, gracias al techo alto y los asientos montados en altura tanto en la parte delantera como en la trasera. Debido a ese concepto, los ocupantes traseros podrían deslizar sus pies debajo de los asientos delanteros. En la parte delantera, el fabricante de automóviles remodeló el tablero e instaló un área de almacenamiento abierta en el lado del pasajero. Hyundai transfirió el diseño simple del panel de instrumentos de la línea Accent.

Debajo del capó, el fabricante de automóviles coreano instaló un motor de 1.1 litros recientemente desarrollado y lo combinó con una transmisión manual de 5 velocidades como estándar. También ofrecía una opción para una transmisión automática de cuatro velocidades.

Hyundai actualizó la segunda generación del Atos en 2003, después de cuatro años desde la presentación del modelo.
Si bien la primera generación y la versión sin remodelación de la segunda generación mostraron un estilo de diseño MPV, el fabricante de automóviles decidió hacer que el automóvil se pareciera más a un hatchback alto que a una minivan de segmento pequeño.

El modelo 2003 venía con faros rectangulares más anchos y señales de giro montadas en las esquinas. Así, se deshizo de los extraños faros del modelo de 1999 e introdujo una parrilla rediseñada que lucía una forma trapezoidal invertida atravesada por tres lamas cromadas. Pero el fabricante de automóviles coreano no pudo deshacerse del alto invernadero, por lo que permaneció igual. La parte trasera mostró un diseño diferente para las luces traseras, con una lente transparente en forma de mariposa sobre el área de la luz de marcha atrás.

En el interior, el tablero presentaba un área de almacenamiento abierta frente al lado del pasajero. Al mismo tiempo, el conductor recibió un grupo de instrumentos de tres diales con el velocímetro flanqueado a los lados por indicadores inusualmente grandes para la temperatura del refrigerante y el nivel de combustible. Dependiendo del nivel de equipamiento, el Atos ofrecía un sistema de audio en la consola central y una unidad de aire acondicionado. Hyundai instaló los controles HVAC debajo del estéreo. En la parte trasera, Hyundai mantuvo el banco abatible y plegable dividido 50/50.

Dado que fue diseñado como un vehículo de cercanías, Hyundai instaló un nuevo motor de gasolina de 1.1 litros acoplado de serie a una caja de cambios manual de cinco velocidades, mientras que una automática de cuatro velocidades estaba disponible como opción.