A Hyundai tentou entrar no mercado automóvel europeu com um pequeno MPV baseado na mesma plataforma do Kia Picanto, mas os resultados ficaram muito abaixo das expectativas.
Em 1999, a montadora coreana lançou a segunda geração do Atos. Parecia um carro de cidade ideal com grande eficiência de combustível e pequeno o suficiente para varrer o tráfego da cidade. Na Europa, os clientes não gostaram do formato do carro, o que resultou em vendas lentas, enquanto em outros mercados, foi muito apreciado. Em 2005, a montadora apresentou uma versão reestilizada.

Enquanto ainda era um cubo sobre rodas com uma extremidade dianteira estendida para o compartimento do motor, a equipe de design conseguiu instalar um conjunto diferente de faróis com formato horizontal em vez dos borbulhados usados antes do facelift.

Por dentro, o carro era espaçoso para quatro passageiros adultos, graças ao teto alto e aos bancos altos na frente e atrás. Devido a esse conceito, os ocupantes traseiros podiam deslizar os pés sob os bancos dianteiros. Na frente, a montadora reformulou o painel e instalou uma área de armazenamento aberta do lado do passageiro. A Hyundai transferiu o design simples do painel de instrumentos da linha Accent.

Sob o capô, a montadora coreana instalou um motor de 1,1 litro recém-desenvolvido e o combinou com um manual de 5 velocidades como padrão. Ele também ofereceu uma opção para uma transmissão automática de quatro velocidades.

A Hyundai atualizou a segunda geração do Atos em 2003, após quatro anos desde a introdução do modelo.
Enquanto a primeira geração e a versão sem facelift da segunda geração mostraram um estilo de design MPV, a montadora decidiu fazer o carro parecer mais um hatchback alto do que uma minivan de segmento pequeno.

O modelo de 2003 veio com faróis retangulares mais largos e piscas montados nos cantos. Assim, ele se livrou dos faróis estranhos do modelo de 1999 e introduziu uma grade redesenhada que ostentava uma forma trapezoidal invertida cruzada por três lâminas cromadas. Mas a montadora coreana não conseguiu se livrar da alta estufa, então permaneceu a mesma. A traseira mostrou um design diferente para as lanternas traseiras, com uma lente transparente em forma de borboleta sobre a área da luz de ré.

No interior, o painel apresentava uma área de armazenamento aberta na frente do lado do passageiro. Ao mesmo tempo, o motorista recebeu um painel de instrumentos de três mostradores com o velocímetro flanqueado nas laterais por medidores incomumente grandes para a temperatura do líquido de arrefecimento e nível de combustível. Dependendo do nível de acabamento, o Atos oferecia um sistema de áudio no console central e uma unidade de ar condicionado. A Hyundai instalou os controles HVAC abaixo do estéreo. Na parte de trás, a Hyundai manteve o banco 50/50 dobrável e tombado.

Desde que foi projetado como um veículo de passageiros, a Hyundai instalou um novo motor a gasolina de 1,1 litro emparelhado de série com uma caixa manual de cinco velocidades, enquanto uma automática de quatro velocidades estava disponível como opção.