Более мощная версия Audi A3 была представлена в 1999 году под шильдиком Audi S3.
S3 делил свою платформу с TT, а также с VW Golf, Seat Leon и Skoda Octavia.

Обновленная модель появилась на свет в 2001 году и отличалась как обновленным внешним видом, так и улучшенными характеристиками.

С эстетической точки зрения наиболее важными изменениями стали новые указатели поворота, которые теперь были интегрированы в фары, измененные передние крылья и задние фонари. Внутри внутренняя отделка была немного модернизирована за счет цифровых часов и различных аудиопакетов.

1,8-литровый бензиновый двигатель с турбонаддувом был модернизирован с помощью технологии изменения фаз газораспределения, новый S3 теперь получает прибавку в 15 л.с.

Стандартные функции, доступные для S3, включали ксеноновые HID-фары, омыватели фар, противотуманные фары, 17-дюймовые легкосплавные диски, кожаные сиденья Recaro, климат-контроль, электронный контроль тяги и электронную программу стабилизации.

Автономные опции включали аудиосистему премиум-класса Bose, установленный в багажнике чейнджер компакт-дисков на 6 дисков, металлическую окраску, более крупные 18-дюймовые легкосплавные диски, стеклянный люк на крыше, систему помощи при парковке, подогрев передних сидений, круиз-контроль и частично кожаные комбинации обивка сидений.

Хотя S3 продавался как «Quattro», на самом деле он был оснащен системой Haldex, которая была разработана для регулировки тяги в зависимости от уровня сцепления.

Audi S3 не был доступен для покупки на рынке Северной Америки.