В 2006 году Audi представила второе поколение версии S3.
Он был доступен в 3- и 5-дверной версии. Это был самый мощный хот-хэтч на рынке.

Audi начала революцию постоянного полного привода еще в 80-х, когда первый Audi S1 Quattro был представлен на этапе ралли и одерживал победу за победой у своих противников. С тех пор все S-модели Audi были полноприводными, и S3 не стала исключением.

Снаружи он выглядел почти как обычная Audi A3, но немногие признаки могли бы отличить его. Передняя однорамная решетка была окружена серебристой окантовкой. Аэродинамический пакет был другим, а дверные зеркала также были серебристыми. Сзади спойлер на крыше усиливал аэродинамический поток назад. Под бампером незаметно демонстрировали свое присутствие две выхлопные трубы.

Внутри S3 был оснащен передними спортивными ковшеобразными сиденьями. Педали, ручка переключения передач и вентиляционные отверстия были сделаны из алюминия. Красно-серебристый значок S3 был также обнаружен на кожаных сиденьях и рулевом колесе.

Силовая установка представляла собой 2,0-литровый бензиновый двигатель с непосредственным впрыском топлива и турбонаддувом. Он мог повышать давление до 1,2 бара (17,4 фунта на кв. дюйм), что было необычно для серийного автомобиля. Мощность передавалась на все четыре колеса через стандартную 6-ступенчатую механическую коробку передач и межосевой дифференциал Haldex.