Модель Audi S4 третьего поколения дебютировала в середине 2003 года и была доступна широкой публике в трех вариантах кузова: седан/седан, универсал/универсал и кабриолет.
Основанный на совершенно новой платформе A4 Volkswagen Group B6, S4 Avant получил ту же длину колесной базы, что и седан S4, и претерпел те же изменения с точки зрения внешнего дизайна: более широкая решетка радиатора, более низкая обшивка дверей и обновленные зеркала. Это поколение S4 Avant было оснащено новым 4,2-литровым двигателем V8 мощностью 344 л.с. (заменившим 2,7-литровый агрегат от S4 1997 года) и поставлялось с двумя трансмиссиями на выбор: стандартной 6-ступенчатой механической и 5-ступенчатой типтроник. Эта модель была заменена Audi S4 на базе платформы B7 в 2005 году.