После запуска второго поколения универсала A6 в 1998 году Audi представила более мощную версию S6 Avant в 1999 году вместе с седаном S6.
Второе поколение Audi S6 Avant было основано на недавно разработанной платформе C5. Это было больше, чем A6 Avant с другими значками. Он предлагался с более мощными двигателями и более жесткой подвеской, что делало машину прижатой к дороге. Полный привод входил в стандартную комплектацию.

Между свирепым S6 Avant и обычным A6 Avant были некоторые отличия. Легкосплавные диски имели дизайн, вдохновленный Audi TT. Передние крылья и пороги стали немного шире. Заниженная и усиленная подвеска была разработана специально для модельного ряда S6. В стандартную комплектацию автомобиля входили две выхлопные трубы с хромированными наконечниками. Значок на решетке радиатора и один сзади завершали внешние отличия.

Внутри S6 отличались высокими сиденьями с подлокотниками для передних пассажиров, что обеспечивало лучшую боковую поддержку на поворотах. В списке опций был набор спортивных ковшеобразных сидений, разработанных Recaro. Задняя раздельно-складная скамья была сохранена на случай, если что-то длинное и тяжелое нужно будет быстро доставить на другой конец страны.

С инженерной точки зрения S6 Avant был совершенно другим автомобилем, чем остальная часть модельного ряда A6. Система полного привода была настроена на производительность, с межосевым дифференциалом Torsen и электронными блокировками дифференциалов как спереди, так и сзади (EDL), управляемыми системой Bosch ESP. Двигатель представлял собой 4,2-литровый V8 мощностью 340 л.с., что на 40 больше, чем у стандартного 4,2-литрового Audi A6. Автомобиль был доступен либо с 6-ступенчатой механической коробкой передач, либо с 5-ступенчатым автоматом с ручным переключением передач (Tiptronic).