В 1999 году новый Atos присоединился к модельному ряду Hyundai, чтобы улучшить эти первоначальные плохие отзывы.
Автомобиль был оснащен рядным четырехцилиндровым двигателем Epsilon мощностью 55 л.с. Спустя два года автомобиль получил улучшенную версию с мощностью 58 л.с., а также новую 4-ступенчатую автоматическую коробку передач в качестве опции. Интерьер был преображен, чтобы отделка не выглядела так дешево. Хотя автомобиль был лучше оригинальной модели, он все еще был далек от того, каким, по мнению общественности, должен быть городской автомобиль. Дальнейшие улучшения планировалось сделать с введением модели 2005 года, доведя качество до достойного уровня.