После трех лет на рынке CLK пришлось заменить из-за новых норм выбросов Евро-4.
Наряду с новыми двигателями автомобиль получил некоторые обновления дизайна.

У Mercedes-Benz не было надлежащего купе E-класса после выхода на пенсию поколения W124. Ему также нечего было противопоставить купе 3-Series. Поэтому было решено создать купе на базе платформы C-класса W203 с элементами стиля, вдохновленными E-классом W212.

Модель 2005 года сохранила аналогичную форму фар с двумя закругленными лампами с каждой стороны. По сравнению с версией 2002 года у них были прозрачные линзы. Решетка радиатора получила три планки вместо четырех, как на версии без фейслифтинга. Задние фонари также были переработаны. Оба бампера получили новый дизайн.

Интерьер был улучшен за счет введения новой информационно-развлекательной системы COMMAND 2.0 с навигационной системой на основе DVD. Это также позволило интегрировать iPod через внешний порт, установленный в бардачке. Дизайн центральной консоли был изменен, а прежние команды, перенесенные из C-класса, были заменены более новыми.

Под капотом CLK предлагался выбор бензиновых и дизельных двигателей мощностью от 150 до 388 л.с. Помимо базовых двигателей (дизель 150 л.с., бензиновые агрегаты 163 л.с. и 184 л.с.), все остальные версии получили новую коробку передач 7G-Tronic.