Выпуск модели с фейслифтингом в 2002 году принес несколько внешних модификаций кузова, а также внутренних.
Версия HDI с Common Rail была добавлена для дизельного двигателя 1.9, а также некоторые версии HDI бензиновых двигателей 1.4, 1.6 и недавно добавленных двигателей 2.0.

Стремление к более чистым двигателям вынудило Peugeot сократить выбросы, оснастив свои автомобили более качественными фильтрами твердых частиц и каталитическими нейтрализаторами, и в этом отношении новый 206 был менее загрязняющим окружающую среду, чем предыдущий. Отзывчивый и безопасный, 206 также получил 4 из 5 звезд за безопасность взрослых пассажиров в тестах EuroNCAP.