В 1999 году Peugeot представила обновление среднего цикла для линейки 406, и, наряду с седаном и купе, версия универсал также была модернизирована.
Peugeot пользовался огромным успехом с модельным рядом 406 и, благодаря своему обширному опыту работы с универсалами, представил такой кузов и для своего конкурента в сегменте среднего размера. Но через несколько лет на рынке автомобиль выглядел уже старым, и Peugeot пришлось столкнуться с новой волной тенденции биодизайна, которая продвинула Mondeo вперед в чартах продаж.

Спереди французский автопроизводитель отказался от решетки радиатора модели 96 года и заменил ее черной сетчатой решеткой. Фары получили новый угол наклона верхней части и стали выглядеть более агрессивно. Peugeot укоротил улыбающуюся решетку радиатора на фартуке, изменил ее форму и добавил пару противотуманных фар: больше никаких улыбающихся лиц для линейки 406. В задней части автопроизводитель не собирался вносить какие-либо изменения.

В салоне изменений больше на приборной панели. Автопроизводитель установил новую приборную панель с большими циферблатами и хромированными кольцами вокруг них. На переработанной центральной консоли появились новые элементы управления системой HVAC, а также новая звуковая система. Сзади в универсале 406 было достаточно места для трех пассажиров и большой багажник объемом 526 литров (18,6 кубических футов) со всеми сиденьями на месте и до 1741 литра (61,5 кубических футов) со сложенным диваном.

Автопроизводитель предлагал широкий выбор двигателей мощностью от 90 до 210 л.с. под капотом. В качестве новинки для модели 1999 года автопроизводитель представил новые 2,0-литровые двигатели HDI мощностью 90, 110 и 136 л.с. соответственно.