Через три года после представления модели универсала Cordoba испанский автопроизводитель представил обновленную версию всего модельного ряда.
В то время как версия универсал не нуждалась в обновлении всего через три года, остальная часть модельного ряда нуждалась в обновлении, поскольку ей уже исполнилось шесть лет. Когда в 1993 году SEAT запустил модельный ряд Cordoba, у него не было достаточно денег, чтобы построить полный модельный ряд, поэтому ему пришлось ждать еще три года, чтобы представить свой универсал для малого сегмента. К тому времени, когда он был запущен, его внешний вид уже был старым, и обновление 1999 года исправило это.

Модель 1999 года отличалась более мягкими краями и изогнутыми линиями кузова. Его фары имели изогнутую верхнюю часть, а его предшественник - прямоугольные. В поисках имиджа своего бренда автопроизводитель представил новый значок спереди, окруженный окантовкой цвета кузова. Бампер был новым и имел квадратные противотуманные фары вместо круглых. SEAT представила дверные ручки в цвет кузова, улучшив вид сбоку. Сзади автопроизводитель изменил бампер и добавил черную резинку.

Внутри автопроизводитель представил совершенно новую приборную панель с улучшенной интеграцией системы вентиляции и гладкими вентиляционными отверстиями в верхней части центральной консоли. Внутри комбинации приборов SEAT принял стиль Volkswagen для циферблатов, с датчиками температуры и уровня топлива, установленными посередине и на верхней стороне панели.

SEAT предлагал Cordoba выбор из семи двигателей, как бензиновых, так и дизельных, мощностью от 68 до 110 л.с. Все двигатели работали в паре с пятиступенчатой механикой.

Seat представил первое поколение Cordoba в 1993 году, а три года спустя он был доступен в версии универсал под названием Vario.
После успешного запуска второго поколения модельного ряда Ibiza испанский автопроизводитель представил трехобъемную версию под названием Cordoba. Они использовали ту же платформу, что и Polo. Но немецкий автопроизводитель, которому уже принадлежал испанский бренд, решил отложить выпуск версии универсал и запустить ее в 1996 году вместе с обновленной версией для всего модельного ряда Cordoba.

Снаружи универсал малого сегмента отличался горизонтальными фарами, похожими на Polo, и решеткой радиатора, напоминающей улыбку. Это был их способ показать автомобиль, который может улучшить жизнь людей. Время универсалов не прошло, и автомобиль с достаточным внутренним пространством в качестве компактного автомобиля был хорошей новостью. В то время как передняя часть автомобиля была похожа на трехобъемную Cordoba, после средней стойки конструкторы сделали более вытянутую крышу, а за задней стойкой разместили набор окон прямоугольной формы. Вряд ли это было очень образное произведение искусства. Больше похоже на работу “давайте наденем рюкзак на эту штуку”. В задней части универсала была красная полоса, соединяющая вертикально установленные задние фонари.

Внутри был простой дизайн приборной панели с центральной консолью, опускающейся к полу, и небольшой округлой приборной панелью со слегка измененными циферблатами VW Polo. Его передние сиденья были простыми и установлены низко на основании, чтобы создать ощущение спортивности. Сзади откидная скамья подходила для двух пассажиров взрослого роста.

Под капотом самой печально известной Cordoba Vario был установлен новый 1,9-литровый дизельный двигатель, с турбонаддувом или без, из корзины запчастей Volkswagen. Кроме того, автопроизводитель предлагал Cordoba Vario с тремя бензиновыми двигателями на выбор.