После большого успеха моделей 1999 года Toyota решила, что пришло время изменить дизайн Yaris.
Обновленная версия была выпущена в 2003 году.

Новый дизайн должен был сделать автомобиль лучше, сохранив при этом некоторые черты оригинального Yaris.

Передний бампер вместе с решеткой радиатора и фарами были обновлены, чтобы придать автомобилю более спортивный вид. Сзади был рестайлинг бампера.

Для фейслифтинга Yari была доступна новая коллекция Color Collection, которая выделялась металлической окраской и другими особенностями, такими как передние противотуманные фары, хромированная выхлопная труба, легкосплавные диски и подходящие по цвету наружные зеркала заднего вида и бамперы.

Пользователи могли выбирать из Twilight Blue, Carlo Blue, Thunder Grey, Eclipse Black и Crystal Silver только для 1,0-литрового и 1,3-литрового бензиновых двигателей VVT-i.

Упомянутые выше двигатели агрегатировались с 5-ступенчатой механической коробкой передач.

Конструкция кузова была изменена для повышения безопасности, а также плавности хода и динамики автомобиля. Уровень NVH (шум, вибрация, резкость) был снижен, и Yaris стал больше похож на более крупный автомобиль.

Салон Yaris был просторным для такой маленькой машины, и передние, и задние пассажиры чувствовали себя очень комфортно.

Обладая приличным размером багажника для автомобиля своего класса, у Yaris также были складные задние сиденья (с конфигурацией 60:40), чтобы при необходимости увеличить грузовое пространство.