Столкнувшись с растущим спросом на небольшие, но вместительные автомобили, Toyota решила построить минивэн на базе своего известного Yaris.
В 1997 году Toyota представила концепт-кар Reference на Токийском автосалоне, и мало кто доверился автопроизводителю в запуске его в качестве серийной модели. Но концепция стала реальностью два года спустя, когда автопроизводитель представил Fun Cargo на японском рынке. Вскоре после этого Toyota экспортировала автомобиль на другие рынки под названием Yaris Verso. В 2003 году Toyota усовершенствовала автомобиль, сделав его более безопасным и экономичным.

Для обновленной версии Toyota улучшила переднюю панель Verso и установила фары с прозрачными линзами. Бампер претерпел незначительное обновление и включал боковые воздухозаборники, имитирующие воздухозаборники для охлаждения тормозов, и широкую решетку радиатора в нижней части бампера. С его боков дизайнеры не могли ничего сделать, чтобы улучшить высокий, квадратный вид кузова, и, вопреки некоторым слухам, они также не стали ставить раздвижные двери, а заднюю дверь оставили с системой открывания вбок.

В салоне произошли незначительные общие изменения, но машина наконец-то получила CD-проигрыватель вместо старого кассетного проигрывателя. В зависимости от уровня отделки салона Yaris Verso имел кнопки на рулевом колесе, что, по сути, было самым большим улучшением.

Под капотом Toyota установили новые двигатели Евро 4, чтобы соответствовать европейским нормам. Его двигатели варьировались от турбодизеля мощностью 75 л.с. до живого 1,5-литрового агрегата VVTi мощностью 106 л.с.