Audi, 2003 yılında A3’ün ikinci neslini piyasaya sürdü ve sadece bir yıl sonra, Haziran 2004’te, ön kısımda hafif bir değişiklikle gelen beş kapılı versiyonu tanıttı.
Beş kapılı versiyon, Audi’nin müşterilerinin onu satın alacağını anlamasından sonra A3’ün ilk neslinin ortasında tanıtıldı ve onlar da aldı. Araba büyük bir başarıydı. Ancak ikinci nesil yavaş satışlarla başladı ve Alman otomobil üreticisi bunu düzeltmek için hızlı bir şeyler yapmak zorunda kaldı.

2004 yılında, Audi A3 Sportback’in (beş kapılı versiyon) tanıtılmasıyla birlikte, otomobil üreticisi otomobilin ön kaplamasını değiştirdi. Tek çerçeveli ızgara daha uzun hale geldi ve yeni farlar daha çekici görünüyordu. Her iki tamponun da yeni stile uyması için değiştirilmesi gerekiyordu. Beş kapılı versiyon da arka yolcuları barındırmak için 80 mm (3.14”) daha uzundu. Ancak diz ve baş mesafesi için çok fazla yer yoktu. Makyajlı arabaların çoğu gibi, arka lambalar da değiştirildi.

İç mekana Audi kalitesi hakimdi, aynı zamanda koyu renkler ve gümüş kaplamalar da hakimdi. Mantıksal düzen açısından, her şey beklediğiniz yerdeydi, ancak bir Alfa 147’nin çekiciliğine sahip değildi. A3, aynı platforma dayandığından birinci sınıf bir Volkswagen Golf olarak kabul edildi.

2005 yılından itibaren tüm araçların Euro 4 motorlarına uyması gerekiyordu ve bu, 2005 Audi A3 serisindeki en büyük değişiklikti. Temel versiyon, sadece 102 hp sunan 1.6 litrelik doğal emişli benzin ünitesi ile donatılmıştı. Dizel fanlar için taban 1.9 litrelik TDI ünitesiydi. Dizel motorlu araçların çoğu Dieselgate skandalına maruz kaldı.