1998 nesli Audi A6, ilk ve tek makyajını 2001 yılında aldı.
Yeniden tasarlanan hatların (gözden geçirilmiş farlar, yeni geliştirilmiş ön ızgara ve yeniden tasarlanmış egzoz sistemi dahil) dışında, yeni A6 Avant yenilikçi multitronic sürekli değişken şanzıman (önden çekişli modeller için) ve isteğe bağlı kalıcı ‘quattro’ ile donatıldı. -Çoğu model için tekerlekten çekiş sistemi. Bazı motorlar modifiye edildi ve ekstra beygir gücü aldı, 1.8L ünitesinin yerini 130 HP 2.0L’lik yeni bir motor aldı. 2004 yılında yeni nesil A6 modelinin tanıtılmasıyla üretime son verildi.