Audi, 1999 yılında ilk nesil S3 modelini piyasaya sürdü.
Audi A3’teki bu daha sportif versiyon, A platformunu Audi TT veya Seat Leon gibi otomobillerle paylaştı ve 210 bhp üreten 1.8L turboşarjlı benzinli motorla donatıldı. Audi TT motorunun bu ayarsız versiyonu daha sonra yeni bir değişken valf zamanlama sistemi aracılığıyla 15 bhp’lik bir güç artışı aldı. Yeni özellikler arasında elektronik çekiş kontrolü/denge programı, xenon farlar, klima kontrolü, isteğe bağlı hız sabitleyici ve ısıtmalı ön koltuklar bulunuyordu. Giriş primi Audi S3 ilk ve tek makyajını 2001 yılında ön ve yan tasarımında bazı küçük değişikliklere uğradığında aldı.