2006 yılında Audi, S3 versiyonunun ikinci neslini tanıttı.
3 ve 5 kapılı versiyon olarak mevcuttu. Piyasadaki en güçlü hot-hatch’tı.

Audi, 80’lerde ilk Audi S1 Quattro’nun ralli aşamasına tanıtıldığı ve rakiplerinden zafer üstüne zafer kazandığı zaman, sürekli dört tekerlekten çekiş devrimini başlattı. O zamandan beri, tüm Audi S modelleri dört tekerlekten çekişliydi ve S3 de bir istisna değildi.

Dışarıdan, neredeyse normal bir Audi A3 gibi görünüyordu, ancak birkaç ipucu farkı anlatabilirdi. Ön tek çerçeveli ızgara, gümüş bir çerçeveyle çevriliydi. Aerodinamik paket farklıydı ve kapı aynaları da gümüş rengiydi. Arkada, bir tavan spoyleri arkaya aerodinamik akışı güçlendirdi. Tamponun altında iki egzoz borusu gizlice varlıklarını gösteriyordu.

İçeride, S3’ün ön tarafında spor-kovalı koltuklar bulunuyordu. Pedallar, vites topuzu ve havalandırma kanalları alüminyumdan yapılmıştır. Kırmızı ve gümüş renkli S3 amblemi deri koltuklarda ve direksiyonda da bulundu.

Santral, doğrudan yakıt enjeksiyonlu ve turboşarjlı 2.0 litrelik bir benzinli motordu. Bir üretim aracı için olağandışı olan 1,2 bar basınca (17,4 psi) kadar yükseltebilir. Güç, standart olarak takılan 6 ileri manuel ve Haldex merkez diferansiyel aracılığıyla dört tekerleğe de gitti.