Üçüncü nesil Audi S4 modeli 2003 yılının ortalarında piyasaya çıktı ve geniş kitleye üç gövde stiliyle sunuldu - sedan/salon, emlak/vagon ve cabrio.
A4’ün yepyeni Volkswagen Group B6 platformunu temel alan S4 Avant, S4 sedan ile aynı dingil mesafesi uzunluğundan yararlandı ve dış tasarım açısından aynı değişiklikleri içeriyordu: daha geniş ızgara, alt kapı kaplamaları ve revize aynalar. Bu nesil S4 Avant, yeni bir 344-PS 4.2 L V8 motorla (1997 S4’teki 2.7L ünitenin yerini aldı) donatıldı ve iki şanzıman seçeneğiyle geldi: standart 6 vitesli manuel ve 5 vitesli tiptronik. Bu model, 2005 yılında B7 platform tabanlı Audi S4 ile değiştirildi.