A6 station-wagon’un ikinci neslinin 1998’de piyasaya sürülmesinin ardından Audi, 1999’da S6 Sedan ile birlikte daha güçlü S6 Avant versiyonunu tanıttı.
Audi S6 Avant’ın ikinci nesli, yeni geliştirilen C5 platformuna dayanıyordu. Farklı rozetlere sahip bir A6 Avant’tan daha fazlasıydı. Aracın yola dikilmesini sağlayan daha güçlü motorlar ve daha sert süspansiyonlarla sunuldu. Dört tekerlekten çekiş standart olarak takıldı.

Sert S6 Avant ile normal bir A6 Avant arasında bazı farklılıklar vardı. Hafif alaşım jantlar, Audi TT’den ilham alan tasarıma sahipti. Ön çamurluklar ve eşikler biraz daha genişti. Alçaltılmış ve sertleştirilmiş süspansiyon, S6 serisi için özel olarak tasarlandı. Krom uçlu iki egzoz borusu standart olarak otomobile takıldı. Izgarada ve arkada bir rozet, dış farklılıkları tamamladı.

İçeride, S6 ön yolcular için yüksek destekli koltuklara sahipti ve bu da virajlarda daha iyi yan destek sağlıyordu. Seçenekler listesinde Recaro tarafından tasarlanan bir dizi spor koltuk vardı. Ülkenin diğer tarafına hızlı bir şekilde uzun ve ağır bir şeyin teslim edilmesi gerekmesi ihtimaline karşı, arkadaki ikiye katlanır bank tutuldu.

Mühendislik tarafında, S6 Avant, A6 serisinin geri kalanından tamamen farklı bir otomobildi. Dört tekerlekten çekiş sistemi, Torsen merkez diferansiyel ve Bosch ESP sistemi tarafından yönetilen hem ön hem de arka (EDL) elektronik diferansiyel kilitleri ile performans için ayarlandı. Motor, 340 hp ile 4.2 litrelik bir V8 idi, standart Audi A6 4.2 litreden 40 daha fazla. Araba, vites değiştirmek için manuel geçersiz kılma (Tiptronic) ile 6 vitesli manuel veya 5 vitesli otomatik olarak mevcuttu.