BMW’nin E46 M3 modeli 2000 yılında tanıtıldı ve iki gövde stiline sahipti: 2 kapılı coupe veya 2 kapılı cabrio.
M3 Coupe, BMW’nin yeni geliştirilmiş 3.2L S54 motorundan yararlandı - doğal olarak emişli - devasa bir 343 PS ve 273 lb-ft tork. Bu yeni nesil motorlar, direksiyona monte kürek değiştiricilere (ralli benzeri) sahip yenilikçi bir SMG Drivelogic şanzıman veya yeni bir 6 vitesli şanzıman ile eşleştirildi. Daha katı CO2 emisyon kuralları nedeniyle, bu model Kuzey Amerika pazarında 5 hp daha düşük motor gücüyle geldi. E46 M3 Coupe 2006’da durduruldu ve bir yıl sonra 4. nesil BMW M3’e yer açıldı.