Ford, Kasım 2000’deki lansmanından sadece iki buçuk yıl sonra, 2003’te Mondeo’nun ikinci nesli için ilk makyajını tanıttı.
Bazı ülkelerde hala pazar lideriyken, Mondeo MKII 2003 yazında bir güncelleme aldı. Otomobil üreticisi yeni özellikler ve iç mekanda birkaç değişiklik getirdi. Ford, piyasada yalnızca yedi yıl süren bir otomobil için ikinci makyajı piyasaya sürdüğü 2005 yılında aşağıdaki kirlilik normları uygulamaya konduğundan, aktarma organları için değişiklik gerekli değildi.

Dışarıdan bakıldığında, göze çarpan tek değişiklik, krom çevreleyen ve petek örgülü bir ızgaraya sahip ızgara içindi. Farklı kasalarda daha büyük sis farlarının eklenmesiyle tampon da geliştirildi. Yanlarda, çamurluklara monte edilen dönüş sinyalleri turuncu yerine şeffaftı. Arkada, arka lambalar, 2003 model yılındaki dönüş sinyalleri için kırmızı yerine şeffaf lenslere sahipti.

İçeride Ford, otomobilin kalitesini artırmak için bazı parçaları geliştirdi veya değiştirdi. Örneğin, orta konsola çok daha iyi entegre olan CD radyo ünitesini sağlamak için Sony ile bir anlaşma imzaladı. Diğer düğmeler ve anahtarlar geliştirilmiş bir tasarım aldı.

Motor serisi için Ford, en üst versiyon için 3.0 litrelik benzinli V6 ünitesi sunmaya cesaret etti. Avrupa dizel pazarının artması ve filolar için çok cazip hale gelmesi nedeniyle mavi-oval marka, 2.0 litrelik TDCI ünitesini selefinden 25 hp daha fazla, bunun yerine 155 hp üretecek şekilde geliştirdi.