1999’da, ilk kötü değerlendirmeleri iyileştirmek için Hyundai serisine yeni bir Atos katıldı.
Araba, 55 HP geliştiren Epsilon düz 4 motorla donatıldı. İki yıl sonra, araba bunun geliştirilmiş bir versiyonunu aldı, 58 HP marş ve ayrıca bir seçenek olarak yeni 4 vitesli otomatik şanzıman. Kaplamaların çok ucuz görünmesini önlemek için iç mekana makyaj yapıldı. Araba orijinal modelden daha iyi olsa da, halkın bir şehir arabası olması gerektiğini düşündüğünden hala çok uzaktı. 2005 modelinin tanıtılmasıyla daha da iyileştirmeler yapılacak ve kalite iyi bir seviyeye getirilecekti.