1999’da Peugeot, 406 serisi için orta yaşam döngüsü yenilemesini tanıttı ve sedan ve coupe ile birlikte station wagon versiyonu da yükseltildi.
Peugeot, 406 serisi ile büyük bir başarı elde etti ve station wagonlarla olan engin deneyimi sayesinde, orta boy segmentteki rakibi için de böyle bir karoseri tanıttı. Ancak piyasada birkaç yıl kaldıktan sonra, araba çoktan eskimiş görünüyordu ve Peugeot, Mondeo’yu satış listelerinde öne çıkaran yeni biyo-tasarım akımı dalgasıyla yüzleşmek zorunda kaldı.

Önde, Fransız otomobil üreticisi ‘96 modelindeki çıtalı ızgarayı çıkardı ve yerine siyah bir ızgara ızgarası koydu. Farlar üst kısımlarına yeni bir açı aldı ve daha agresif görünüyordu. Peugeot aprondaki gülümseyen ızgarayı kısalttı, yeniden şekillendirdi ve bir çift sis lambası ekledi: 406 serisi için bundan böyle gülen yüzler yok. Arkada, otomobil üreticisi herhangi bir değişiklik yapmayı düşünmedi.

İçeride, gösterge tablosunda daha fazla değişiklik vardı. Otomobil üreticisi, çevrelerine daha büyük kadranlar ve krom halkalar olan yeni bir gösterge paneli taktı. Yeniden tasarlanan orta konsolda, HVAC sistemi için yeni kontroller ve yeni bir ses sistemi de vardı. Arkada, 406 Station Wagon, üç yolcu için yeterli alan ve tüm koltuklar yerindeyken 526 litrelik (18.6 cu-ft) büyük bir bagaj ve sıra katlandığında 1.741 litreye (61,5 cu-ft) kadar bir bagaj sağladı.

Otomobil üreticisi, kaputun altında 90 hp ile 210 hp arasında değişen geniş bir motor seçeneği sundu. 1999 modeli için bir yenilik olarak, otomobil üreticisi sırasıyla 90, 110 ve 136 hp’lik yeni 2.0 litrelik HDI motorlarını tanıttı.