SEAT, modelin lansmanından dört yıl sonra, 2006’da üçüncü nesil Ibiza serisi için makyajlı bir versiyonunu tanıttı ve otomobilin görünümünü biraz iyileştirdi.
İspanyol otomobil üreticisi, çok ünlü kardeşi Volkswagen Polo’nun arkasında, arkada kalmak zorunda kaldı. Her iki araç da Çek kardeşleri Skoda Fabia ile aynı platform olan PQ24 üzerinde duruyordu. Garip bir şekilde, otomobil üreticisi motorları 2005 Euro 4 emisyon standartları için değiştirirken bir makyaj eklemedi, ancak bir yıl sonra yaptılar.

Dışarıdan bakıldığında araçta çok fazla görsel değişiklik yoktu. Ön kısımda otomobil üreticisi tamponu daha agresif görünen bir tamponla değiştirdi. 2002 modelindeki basit, yatay olanın yerini, sis farları için iki kümeyle çevrili A şeklinde bir orta ızgara aldı. Profili neredeyse değişmeden kalırken, arkada tampon gövde rengindeki koruyucu şeritlerini kaybetti.

Otomobil üreticisi, seçenekler listesindeki yeni renkler ve döşemeler dışında neredeyse her şeyi olduğu gibi içeride bıraktı. Temel donanım seviyesinde üç kollu bir direksiyon simidi bulunurken, üst donanım seviyesinde ses sistemi için sadece belirli CD çalarlarda bulunan direksiyon simidi düğmeleri yer aldı.

Kaputun altında SEAT, doğal emişli 2.0 litrelik üniteyi, ürün yelpazesindeki en yavaş satıcı olduğu için listeden çıkardı. Yakıt verimliliği sayesinde daha başarılı olduğu kanıtlanan turbo dizel teklifini genişletti, ancak turboşarjsız 1.9 litrelik yağ yakıcıyı sildi.