Skoda, Octavia’nın ikinci neslini 2004 Cenevre Otomobil Fuarı’nda hem hatchback hem de station wagon gövde versiyonunda tanıttı ve selefinin başarı hikayesini sürdürdü.
Volkswagen, Çek markası Skoda’yı almaya karar verdiğinde, bunu bir Golf kadar uygun fiyatlı ve güvenilir bir kitlesel pazar markası haline getirmeye çalıştı. Octavia’nın ilk nesli oldukça başarılıydı ve dünya çapında satıldı. İkinci nesil, Golf platformunu (PQ35) kullanarak aynı tarifi izledi ve araca çok çeşitli motor ve seçenekler sundu.

Dışarıdan, ikinci nesil selefine çok benziyordu. Genel tasarım, farlar ve eğimli, köşeye monte dönüş sinyalleri gibi düz çizgileri ve dar kenarları olan birkaç kübist ayrıntıyı benimsiyordu. Kare ızgarasını dikey çıtalarla çevreleyen krom bir çerçeve. Seçeneklere ve donanım seviyesine bağlı olarak Octavia Combi, tamponun alt tarafında bir çift sis farına sahipti. Yanlarından, hafif kavisli bir çatı çizgisi ile gövde alanına yayılan uzun sera, arka çeyrek paneller üzerine monte edilen üçüncü sıra pencereler için yer açtı. Selefinde olduğu gibi, otomobil üreticisi arka lambaları bagaj kapağının dışına yerleştirirken, arka camın tepesinde üçüncü bir fren lambası bulunuyordu.

Hafif kavisli yüzeylere ve düz gri kaplamalara sahip temiz, net tasarım, otomobilin ekonomik araçlardan ziyade orta fiyat segmentinde görünmesini sağladı. Selefinden biraz daha pahalıydı ama kullanılan malzemeler daha kaliteliydi. Octavia II Combi, 580 litrelik (20,5 cu-ft) bagaj hacmine sahipti ve arka sıra tamamen katlanarak kendi sınıfı için 1620 litre (67,8 cu-ft) şaşırtıcı bir boyuta kadar genişletilebilirdi.