Skoda, 2013 yılında Yeti ürün yelpazesini yenileyerek görünümünü büyük ölçüde iyileştirdi ve motorlarını yeni Avrupa kirlilik standartlarına yükseltti.
Avrupa kirlilik standartları Euro 5b’nin Ocak 2013’te uygulamaya konulması, daha fazla otomobil üreticisini araçlarını geliştirmeye zorladı. Artık sadece motor emisyonlarıyla ilgili değildi. Aynı zamanda güvenlik sistemleri ve araba geri dönüşüm faktörü ile ilgiliydi. Skoda, pazarda dört yıl geçirdikten sonra yine de Yeti’yi geliştirmek zorunda kaldı ve bu sadece bir makyajdan ziyade bir makyajdı.

Kendinden önceki model, farların yanında ayrı bir küme halinde çevrelenmiş belirgin sis farlarına sahipken, 2013 Yeti tamamen yeni bir ön fasya ile ortaya çıktı. Dikdörtgen farlara sahip kübist tarzdaki tasarım teması ve gövde altı kalkanının belirgin görünümü, crossover’a daha cesur bir duruş sundu. Karartılmış C sütunu ve kapı çerçevesi, otomobilin daha uzun cam panelli bir kamyonet gibi görünmesini sağladı. Çek otomobil üreticisi arkada, “Clever”dan bir C harfi oluşturan net çizgilerle arka farları yeniden tasarladı.

Yeti’nin içinde, ön panelde küçük yükseltmeler ve daha fazla düğmeli ve içi boş bir alt kollu (döşeme seviyesine bağlı olarak) yeni bir direksiyon simidi vardı. Yeni bilgi-eğlence sistemi nedeniyle, araca bir arka görüş kamerası takılabilirdi.

2013 Skoda Yeti için dört dizel ve üç benzinli motor seçildi - tümü turboşarjlı ve doğrudan enjeksiyonlu. Performans yelpazesi, 105 hp ile 1.2 TSI ile 170 hp ile 2.0 TDI arasında değişiyordu. Haldex kaplinli beşinci nesil önden veya dört tekerlekten çekiş, motor özelliklerine bağlı olarak takıldı.