Nach vier Jahren am Markt wurde die dritte Generation der E-Klasse mit einem wohlverdienten Facelift aufgefrischt und rund 2000 Komponenten am Auto verändert.
Der überarbeitete E-Class Estate (Kombi) wurde auf der New York International Auto Show 2006 vorgestellt. Eine der ersten großen Überraschungen für die Kunden war, dass die Grundpreise für die Vier- und Sechszylinder-Aggregate unverändert blieben, obwohl die Basis-Dieselversion 20 PS mehr zulegte.

Äußerlich erhielt die E-Klasse eine neue Stoßstange und einen neuen Kühlergrill mit einem markanten Sweepback. Mercedes-Benz veredelte die Details der Doppelscheinwerferblende mit einer transparenten Oberseite für ein besseres Lichtmuster. Hinten die S211 E-Klasse Kombi-Empfänger LEDs für Standlichter. Für die Ausstattungsvariante Avantgarde wurde ein neuer Satz Seitenschweller und Heckstoßstange eingebaut.

Im Inneren gab es ein neues Lenkrad, und das Klimatisierungssystem Thermatic war serienmäßig in allen Modellen eingebaut. Neue Materialien und Farben wurden der Optionsliste hinzugefügt.

Die wichtigsten Modifikationen wurden unter der Haut vorgenommen. Für die Bremsen führte das Facelift das adaptive Bremssystem anstelle der Sensotronic Brake Control ein. Bei den Motoren hatten die Kunden die Wahl zwischen dreizehn Versionen. Sechs davon wurden neu oder weiterentwickelt. Neue Spitzenmotorisierung war der 5,5-Liter-V8 im E 500.