Après quatre ans sur le marché, la troisième génération de la Classe E a été rafraîchie avec un lifting bien mérité et environ 2000 composants ont été changés pour la voiture.
La Classe E Estate rénovée (break) a été lancée au Salon international de l’auto de New York en 2006. L’une des premières grandes surprises pour les clients a été que les prix de base des quatre et six cylindres sont restés les mêmes qu’auparavant, même si la version diesel de base a gagné 20 chevaux supplémentaires.

À l’extérieur, la Classe E a reçu un nouveau pare-chocs et une nouvelle calandre qui présentaient un balayage distinctif. Mercedes-Benz a amélioré les détails du carénage à double phare, avec une face supérieure transparente pour un meilleur motif d’éclairage. À l’arrière, le récepteur de break S211 Classe E LED pour feux de position. Un nouvel ensemble de seuils latéraux et de pare-chocs arrière a été installé pour le niveau de finition Avantgarde.

A l’intérieur, il y avait un nouveau volant, et le système de climatisation Thermatic était monté de série sur toute la gamme. De nouveaux matériaux et couleurs ont été ajoutés à la liste des options.

Les modifications les plus importantes ont été faites sous la peau. Pour les freins, le lifting a introduit le système de freinage adaptatif au lieu du contrôle de freinage Sensotronic. Pour les moteurs, les clients avaient le choix entre treize versions. Six d’entre eux étaient nouveaux ou perfectionnés. Le nouveau moteur haut de gamme était le V8 de 5,5 litres de la E 500.