En 2016, Audi presentó una actualización final para la primera generación del Q3 con algunos detalles que diferenciaban al S-Line del resto del paquete.
El Q3 fue el crossover compacto que trató de hacer la vida más fácil dentro y fuera de la ciudad, sin temor a situaciones todoterreno livianas o cuando la nieve en las calles era más alta que un par de tacones de aguja. Con su última actualización, S-Line trató de llamar más la atención de los hombres, ya que la mayoría de los clientes del tercer trimestre eran mujeres.

En el exterior, el S-Line Q3 presentaba una nueva parte delantera. Las entradas de aire exteriores eran más amplias; la hoja debajo del canal central tenía un acabado del color de la carrocería y la parrilla Singleframe era gris piedra. Sus entradas de aire exteriores estaban divididas horizontalmente. La protección de los bajos se terminó en un tono plateado mate en el parachoques delantero y trasero. Si bien la mayoría de las versiones S-Line de otros modelos de Audi presentaban cubiertas plateadas en los espejos retrovisores, el Q3 mantuvo las versiones del color de la carrocería, como el resto de su gama.

En el interior, la versión 2016 presentaba un aspecto similar al del resto de la pandilla, excepto por el volante que se realzó con el logotipo S-Line en el radio inferior. Los diseñadores instalaron algunas otras inserciones de aluminio en las secciones superiores de las puertas y la consola central.

Audi ofreció el paquete S-Line para el Q3 en toda la gama de motores, excepto en el SQ3, que era un modelo S real, no solo un paquete estético.