Audi lanzó el modelo S3 de primera generación en 1999.
Esta versión más deportiva del Audi A3 compartía su plataforma A con coches como el Audi TT o el Seat León y estaba equipada con un motor de gasolina turboalimentado de 1,8 litros que generaba 210 CV. Esta variante desafinada del motor Audi TT recibió más tarde un aumento de potencia de 15 CV a través de un nuevo sistema de sincronización variable de válvulas. Las nuevas características incluyeron un control electrónico de tracción/programa de estabilidad, faros de xenón, control de clima, control de crucero opcional y asientos delanteros con calefacción. El Audi S3 premium de entrada recibió su primer y único lavado de cara en 2001, cuando experimentó algunos cambios leves en su diseño frontal y lateral.