En 2006, Audi presentó la segunda generación de la versión S3.
Estaba disponible en versión de 3 y 5 puertas. Era el hot-hatch más potente del mercado.

Audi inició la revolución de la tracción integral permanente en los años 80, cuando el primer Audi S1 Quattro se introdujo en la etapa de rally y obtuvo victoria tras victoria de sus oponentes. Desde entonces, todos los modelos S de Audi tenían tracción total y el S3 no fue una excepción.

Desde el exterior, parecía casi un Audi A3 normal, pero pocas pistas podían notar la diferencia. La parrilla delantera de un solo marco estaba rodeada por un borde plateado. El paquete aerodinámico era diferente y los espejos de las puertas también eran plateados. En la parte trasera, un alerón en el techo mejoraba el flujo aerodinámico hacia atrás. Debajo del parachoques, dos tubos de escape mostraban discretamente su presencia.

En el interior, el S3 estaba equipado con asientos deportivos de cubo en la parte delantera. Los pedales, la palanca de cambios y las salidas de aire estaban hechos de aluminio. La insignia S3 roja y plateada también se encontró en los asientos de cuero y en el volante.

El motor era un motor de gasolina de 2.0 litros con inyección directa de combustible y un turbocompresor. Podría aumentar hasta 1,2 bar de presión (17,4 psi), lo que era inusual para un vehículo de producción. La potencia fue a las cuatro ruedas a través de una transmisión manual de 6 velocidades instalada de serie y un diferencial central Haldex.