El modelo Audi S4 de tercera generación debutó a mediados de 2003 y estuvo disponible para el gran público en tres estilos de carrocería: sedán/berlina, familiar/wagon y descapotable.
Basado en la nueva plataforma Volkswagen Group B6 de A4, el S4 Avant se benefició de la misma distancia entre ejes que el sedán S4 y presentó los mismos cambios en términos de diseño exterior: parrilla más ancha, molduras de puertas más bajas y espejos revisados. Esta generación del S4 Avant se equipó con un nuevo motor V8 de 4.2 L y 344 CV (que reemplazó a la unidad de 2.7 L del S4 de 1997) y vino con una opción de dos transmisiones: manual estándar de 6 velocidades y tiptronic de 5 velocidades. Este modelo fue reemplazado por un Audi S4 basado en la plataforma B7 en 2005.