Tras el lanzamiento de la segunda generación de la camioneta A6 en 1998, Audi presentó la versión más potente S6 Avant en 1999, junto con el S6 Sedan.
La segunda generación del Audi S6 Avant se basó en la plataforma C5 recientemente desarrollada. Era más que un A6 Avant con diferentes distintivos. Se ofreció con motores más potentes y suspensiones más rígidas que hicieron que el automóvil se plantara en la carretera. La tracción total se instaló de serie.

Hubo algunas diferencias entre el feroz S6 Avant y un A6 Avant normal. Las llantas de aleación ligera tenían el diseño inspirado en el Audi TT. Los guardabarros delanteros y los umbrales eran ligeramente más anchos. La suspensión más baja y rígida fue diseñada especialmente para la gama S6. Dos tubos de escape con puntas cromadas se instalaron de serie en el automóvil. Una insignia en la parrilla y otra en la parte trasera completaban las diferencias exteriores.

En el interior, el S6 presentaba asientos con respaldo alto para los pasajeros delanteros, lo que aseguraba un mejor apoyo lateral en las curvas. En la lista de opciones estaba un juego de asientos deportivos tipo butaca diseñados por Recaro. Se conservó el banco trasero plegable dividido, en caso de que algo largo y pesado tuviera que ser entregado rápidamente al otro lado del país.

Desde el punto de vista de la ingeniería, el S6 Avant era un automóvil completamente diferente al resto de la gama A6. El sistema de tracción en las cuatro ruedas se ajustó para el rendimiento, con diferencial central Torsen y bloqueos de diferencial electrónicos tanto delantero como trasero (EDL) administrados por el sistema ESP de Bosch. El motor era un V8 de 4.2 litros con 340 hp, 40 más que el Audi A6 estándar de 4.2 litros. El automóvil estaba disponible con una transmisión manual de 6 velocidades o una automática de 5 velocidades, con anulación manual para cambiar de marcha (Tiptronic).